Hodokamiさん
kusanagi statusとkusanagi nginx --showpathに問題はなさそうですね。
kusanagi restartコマンドの異常と考えます。
まず systemctl restart kusanagi でkusanagiサービスをリスタートしてみてください。
何らかの理由で古い kusanagi のモジュールのまま動作している可能性があります。
それでも解消しない場合は
/var/opt/kusanagi/log/kusanagi/backend.log
にログが出ていると思われますので、最後のエラーあたりのログをいただけますでしょうか。
