テーマファイルを更新しようとすると上手くいかない

masahirokjpさんこんにちは。

KUSANAGIのセキュリティ対策として、ドキュメントルート以下のファイルはkusanagiユーザーとなっております。
これは通常のApacheやNginxからは書き込みができないユーザー権限ですので、そのままでは管理画面からテンプレートの編集はできません。
お勧めは致しませんがパーミッションを777などに変更すると修正は可能になると思います。

ただし、KUSANAGIが取っているこの対策は、プラグイン等に脆弱性などが発生した場合でも、他のPHPファイルの書き換えを防ぐなど、被害の拡大を防ぐための対策ですので、あくまでも自己責任での実施となりますので、ご注意ください。
テーマファイルは管理画面からの修正ではなく、ファイルを直接編集する方が良いと思いますので、ご検討ください。