fcacheのURL除外

nginx の conf 設定で可能です。

(プロファイル名)_http.conf および (プロファイル名)_ssl.conf の設定に下記のような部分があります。

if ($request_uri ~* "(/wp-admin/|/xmlrpc.php|/wp-(app|cron|login|register|mail).php|wp-.*.php|/feed/|index.php|wp-comments-popup.php|wp-links-opml.php|wp-locations.php|sitemap(_index)?.xml|[a-z0-9_-]+-sitemap([0-9]+)?.xml)") {
set $do_not_cache 1;
}

if 条件内に除外したいパス、今回の例で言えば /cert と /checkout を下記のように
パイプ区切りで追加してください。

if ($request_uri ~* "(/wp-admin/|/xmlrpc.php|/wp-(app|cron|login|register|mail).php|wp-.*.php|/feed/|index.php|wp-comments-popup.php|wp-links-opml.php|wp-locations.php|sitemap(_index)?.xml|[a-z0-9_-]+-sitemap([0-9]+)?.xml|/cart|/checkout)") {
set $do_not_cache 1;
}

nginx の設定を変更する際には、
次のような注意点に気をつけながら作業するとスムーズに作業できると思います。

・一度に設定を変更せず、1つずつ設定を追加し、その都度確認していくこと。
・バックアップした上でロールバックできるようにしておくこと。
・検証環境があれば、そちらで先に検証して確認すること。

以下、解説です。

kusanagi fcache では $do_not_cache を制御してキャッシュの制御をおこなっております。
標準で fcache されない部分の指定が、上記の設定部分になります。
こちらに除外パスを追加する方法が、今回の対応としていちばん簡単な方法となると思います。