domainky さん、こんにちは。
kusanagi setting コマンドでは、内部で wp-cli を利用している箇所があります。
該当の Warning 表示は、 wp-cli 側が表示しているものです。
主にプラグイン側が原因で発生する Warning のようですので、Warning に対し正確なお答えはできません。
参考までに、似たような Warning を質問をされている外部リンクを貼ります。
https://wordpress.org/support/topic/errors-during-wp-search-replace/
また、書かれていた “Warning: Skipping an uninitialized class” で検索すると、他にも似たような内容がヒットしますので、合わせて確認してみてください。