uppie123 さん、こんにちは。
Apache での検証は問題ないということでしたので、Nginx 設定で間違いなさそうですね。
KUSANAGI 9 での Nginx conf の場所です。
kusanagi provision で作成したプロファイル名を sample として説明します。
sample プロファイルを WordPress でプロビジョンした場合、下記の設定ファイルが主に関係してきます。
/etc/opt/kusanagi/nginx/conf.d/sample.conf
/etc/opt/kusanagi/nginx/conf.d/sample.wp.inc
この中で WordPress の設定を変更するのであれば、sample.wp.inc のファイルです。
ただ、指摘のあった内容はすでに sample.wp.inc に書かれているはずです。
location / {
try_files $uri $uri/ /index.php?$args;
}
ですので、原因の予想がそもそもはずれていると思われます。