phper さん、こんにちは。
トップページにある通り、kusanagi status の結果をいただけませんか?
また、コマンドを実行して、どの段階でどのようなエラーがでたのか具体的に記載してください。
モジュールのアップデートは必須ではありません。
強引な予想ですが、MariaDB 10.1 のままでエラーになっているだけかと思います。
MariaDBのアップデートができない(10.1→10.5)
> # MariaDB をアップグレード
# MariaDB をアップグレードをしないと、yum update でエラーは出続けます。
kusanagi upgrade mariadb 10.5
ここに書いてありますが、読まれましたか?
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あと、気になる点としては新規でサーバーを立てたのですか?
それであれば、KUSANAGI 9 をおすすめいたします。