WEXALはPHP7以上が必須なので、PHP5.6では動作しません。
php-fpmサービスは PHP5.6 です。
PHP7 は php7-fpm サービスになります。
タイムアウト時間を変更した際に、誤って php7-fpm の代わりに php-fpm を起動したのではないでしょうか?
KUSANAGIコマンドも kusanagi php は PHP5.6 で、PHP7 は kusanagi php7 です。
kusanagi php7 を実行して、PHP7に戻してください。
なお、PHP7のiniの場所はPHP5.6と異なるので、タイムアウトの設定を変更している場合は同じものを
PHP7にも設定してください。/etcのディレクトリ名で判断できると思います。
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hideishi.