Htoyoda さん、こんにちは。
今回の問題ですが、プロファイルの FQDN が Let's Encrypt の FQDN と一致しないといけない点です。
www ありなしを両方 nginx の conf に混在して書いても、kusanagi の ssl コマンドによる証明書更新は kusanagi の FQDN に従います。
よって、www ありでプロビジョンしたら www ありのみ。wwwな しでプロビジョンしたら www なしのみ、となります。
少し手間になりますが、下記のとおりでいかがでしょう?
www ありとなしのプロファイルを完全に分けることです。
www ありを正とするなら
www ありのプロファイル:
WordPress を好きにプロビジョンする
www なしのプロファイル:
LAMP をプロビジョンする。
全て www ありへリダイレクトする設定を1行追加する。
あるいはindex.phpに
header('Location: www あり URL', 301);
を一行かく。