nico さん、こんにちは。
ftp 関数で削除に失敗しているようですね。
wp-content や plugins 配下のサブディレクトリに、ftp 等で kusanagi:www では削除できないディレクトリ/ファイルを手で作成してしまったのが原因ではないかと推測されます。
もしくは、パーミッションや所有者/グループを変更してしまったのではないかと推測します。
- ftp は kusanagi:kusanagi 権限で更新
- PHP は httpd:www 権限で更新
そのため、kusanagi:www 775 にしておかないと動作に支障を起こすことがあります。
よくあるケースとして、httpd にかえると ftp (kusanagi) での更新ができなくなります。httpd にオーナーを変えてしまうことが原因があります。