返信ありがとうございます。
気になるのはプラグインの更新はできていて
upgrade(775 kusanagi:www)内(プラグイン更新後)削除されていないファイルはない
upgrade-temp-backup(775 kusanagi:www)
各ディレクトリ、サブディレクトリは
plugins(755 kusanagi:kusanagi)
plugins/各プラグイン(755 kusanagi:kusanagi)
(775 kusanagi:www)でも検証済み
になっております。
all-in-one-wp-migrationのみ(httpd:www) ですが、こちらは手動でパーミッションなど変更して更新してます。
何のディレクトリが削除できてい or no exists(ftp_rmdir(): PHP Warningが出力されるのか)かが不明なのですがWarningがlogoに出力されるタイミングはプラグインが更新された直後です。
ほかに何か影響しているようなことは考えられますか?
再度パーミション、権限等見なおしてみます。。
よろしくお願いします。