nanz さん、こんにちは。
コメントを見る限り、ロールバックの意味を正しく把握されていないものとお見受けいたします。
アンインストールとロールバックは別物です。
ロールバックは、その地点まで作業をもとに戻すことを指します。
アンインストールのみでは、依存ライブラリについての考慮ができていません。
手動で PHP のインストールなどを行っているため、ライブラリ依存関係も当然元にも戻す必要があります。
確実なロールバックは、作業前時点のスナップショットに戻すことです。
スナップショットの状態にロールバックする作業例
https://qiita.com/takahashi-kazuki/items/23a5a7c62fc086d51909
yum history undo
でパッケージの導入をロールバックする作業例
ロールバック (スナップショットや yum など) の話は KUSANAGI の範囲外の内容となりますので、こちらでの回答はできかねます。
上記はあくまで参考情報です。
ご了承ください。