kusanagi statusとログの提供ありがとうございます。
kusanagi statusの結果からはmariadbが正常に起動しているので、initに問題はなさそうです。
そのままprovisionできるのではないかと思います。
今回実行されたinitは初回のinitではなく、2回目以降のinitの実行ですね？
再度initを実行しても同じになるか確認ください。
それでもダメならば kusanagi dbinit mariadb を実行してみてください。
それでも解決しない場合はVMを作り直す方が早いと思います。
