自分のConoHaの環境でも激遅になっていたので、調べてみました。
どうやら、ConoHaの1GBメモリのマシンではKUSANAGI標準設定だとswapが頻発していました。
以前はそんなことなかったのですが。
手っ取り早く使用メモリ量を減らすために、以下のようにMySQLの設定(/etc/my.cnf.d/server.cnf)を変更し、MySQLを再起動して下さい。
(変更前)
query_cache_size = 128M
innodb_buffer_pool_size = 384M
(変更後)
query_cache_size = 64M
innodb_buffer_pool_size = 128M
また、4GBメモリのマシンでも変わらないということは、別要因の可能性があります。
以下の情報があると特定がし易いです。
kusanagi status の内容
plugin のリスト(できれば)
HHVMを使用している場合、プラグインによっては遅くなります。
その場合は該当プラグインを停止するか、PHP7を使用することを検討して下さい。