フィードバックをヒントにソースコードを追いかけ、本来なら特定の条件の時にのみ advanced-cache.php ファイルが作成されることを確認しました。
私のケースではHyperDBを利用しているため page-cache.php ファイル内の下記コードの $cache_db->dbname がNULLになり、その結果、advanced-cache.php ファイルがユーザーがサイトにアクセスする度に作成されていました。
$sql = “SHOW TABLES FROM {$cache_db->dbname} LIKE ‘{$cache_db->prefix}site_cache'”;
そこで、強制的にdbname=’wordpress’ にすることで毎回作成されないようにしました（念の為、ファイルロックは入れておくことにしました）。貴重なインプットありがとうございました！
