katsunakatamisa さん、こんにちは。
原因は不明ですが、ご指摘のように .bashrc の
sudo -u kusanagi -- /opt/kusanagi/php/bin/php /opt/kusanagi/bin/wp
の記載が問題だと思われますので、以下のように書き換えてください。
alias wp='sudo -u kusanagi -- /opt/kusanagi/php/bin/php /opt/kusanagi/bin/wp'
この部分に関しては、サーバーやエディションごとに違いなどはありません。
