hideishi さん
ご回答ありがとうございます。おかげさまで解決しました。
ご指摘の通り、/etc/systemd/system/multi-user.target.wants/ に、実体のない nginx@with_httpd.service へのシンボリックリンク(2024年6月付)が残っていました。
nginx@with_httpd.service -> /usr/lib/systemd/system/nginx@.service
これを削除して systemctl daemon-reload したところ、kusanagi status の誤認も解消し、kusanagi restart も正常に完了するようになりました(restart completed.)。
過去のバージョンアップ時などに残ったものと思われます。的確なご対応、ありがとうございました。