hideishiさん
ご丁寧な回答、ありがとうございます。おかげさまで解決いたしました。
naxsiが静的モジュールとしてコンパイル済みであることを理解しておらず、load_module がコメントアウトされているのを見て「無効」と誤解しておりました。紛らわしいコメントの件、とんでもないです。了解いたしました。
有効化の条件(kusanagi_naxsi_core.confおよびプロファイル.wp.incのinclude naxsi.d/... にコメントが無いこと)も確認でき、両方とも満たしておりました。
検知されなかった原因も、ご指摘の通りでした。
トップページへのテストクエリが、リダイレクトの際に欠落していたためでした。
教えていただいた通り、DocumentRoot直下に <?phpのみのテスト用ファイルを作成し、そこにテストクエリを付けてアクセスしたところ、ssl_error.logにnaxsiの検知記録が出ることを確認できました。
当方のテスト方法とコメントの読み違いが原因でした。お手を煩わせてしまい申し訳ありませんでした。
丁寧にご教示いただき、大変助かりました。ありがとうございました。