clearwaterさん、こんにちは。
プラグインの更新ができないとのことですが、可能でしたらプラグイン名、もしくはプラグインディレクトリのURL等を教えていただくことはできますでしょうか。
一応、可能性レベルですが、KUSANAGIはDocumentRoot以下はkusanagiユーザーにて実行されておりますので、プラグインアップデート時に想定外の場所にプラグインが必要とするディレクトリ等を作成しようと試みているなどの場合、実行できずに止まってしまうことは考えられます。
例えば、該当プラグインがDocumentRoot直下であったり、それよりも上のディレクトリに何らかのファイルコピーを試みていた場合、実行できない可能性が考えられますが、通常はwp-content以下の例えばuploadsディレクトリやプラグイン自身のディレクトリ内などに作成するはずですので、それ以外の場所にファイルコピーすることが適切な動作であるのかどうかについてはプラグイン作者にも確認した方が良いかもしれません。