Sina0808さん、こんにちは
KUSANAGIはDocumentRoot以下にWordPressがインストールされていることを前提に構成されておりますので、サブディレクトリを作成しての動作に関しましては保証されておりません。
ご提示のリンク先に記載のある方法ですが、Sina0808さんがwp-config.phpをDocumentRoot/appに置いているなら、このやり方でもbcacheについては動作する可能性はあります。
また、上記手法で動作するとすれば、wp-config.phpを/appからDocumentRootに移動するだけでも動作するかもしれません。
サブディレクトリを作成してWordPressをインストールしている理由が何かございますか?