TSUYOUSHIさん、こんにちは。
事象の件ですが、こちらは再現性がありますでしょうか。
例えば、新しくプロビジョンしたWordPressでも発生する、もしくは新しく作った別のインスタンスでも発生するなど、どこまで再現性があるか確認させて頂きたいと思います。
なお、KUSANAGIはオンメモリにてどれだけ速くできるかという構成になっておりますので、MySQLのクエリキャッシュおよびPHPの中間コードキャッシュが生成されていない最初のアクセス、しばらくアクセスされていない状態でキャッシュがクリアされた状況でのアクセスは多少遅くなります。
また、上記仕様のため、極端にメモリの少ない環境(例えばメモリ1GB以下)での動作も遅くなる可能性があります。
よろしくお願いいたします。