KUSANAGI for AWS Premium Editionをデプロイした場合、
起動時に自動的に初期設定とプロファイルのセットアップが行われますので
kusanagi initとkusanagi provisionの操作は不要です。
(2つ目以降のプロファイルを作成する時はkusanagi provisionをします)
もう一度kusanagi initしてしまうと、初回起動で作られた設定を上書きしてしまいます。
その結果、設定に不整合が発生してtargetの切り替えができなくなったのだと思います。
一度EC2インスタンスを破棄して再度デプロイし直すのが早いです。