LEONさん
有料版では、初回起動時にkusanagi init相当のことが行われていますので、kusanagi initは不要です。
kusanagi_htmlに変えて別のプロファイルをプロビジョニングしたいのであれば、
LEONさんの書かれたとおり、「3. 初期設定画面でWordPressの起動設定」をやらずに
kusanagi init, kusanagi provision profile名, kusanagi target profile名を実行でよいと思います。
「3. 初期設定画面でWordPressの起動設定」の手順でセットアップした後であっても、
kusanagi remove -y kusanagi_htmlでデフォルトのプロファイルを削除して、
kusanagi provision profile名、kusanagi target profile名で作成することもできます。