bigjo さん、こんばんは。
ログは正常なログの最終行から、異常が発生した部分をすべてコピペしてください。
上記内容では、失敗していることはわかるのですが、原因が全くわかりません。
ここからはもう予想になりますので、とりあえず試していただきたい内容です。
1. アップデート
FAQの内容 https://kusanagi.tokyo/faq/
Q6. yum のアップデートに失敗する場合は、どのように対応すればよろしいですか?
より
yum clean all
yum update --enablerepo=remi,remi-php56
上記を試していただいてもよろしいでしょうか?
なお、FAQへのリンクはトップページに記載してあります。
2. 現在の環境
詳細に教えていただけますか?
kusanagi status
一部ドメイン名などが表示されますので、マスク処理をお願いします。
なお、質問する際に記載してほしい情報として、コマンド例がトップページに記載してあります。