torinokawa さん、こんにちは。
補足です。
KUSANAGI インストール直後は、kusanagi init の実行が必要です。
init の質問をされていますが、init の実行をしたと書かれているコマンドは kusanagi provision です。
> $ kusanagi provision dev.***** --wp --fqdn dev.*****.jp --dbname dev.***** --dbuser dev.***** --dbpass dev.*****AA --email *****@*****.co.jp
もしかしたら kusanagi init を実行していないのかもしれません。
ご確認ください。