torinokawa さん、こんにちは。
補足です。
KUSANAGI インストール直後は、kusanagi init の実行が必要です。
init の質問をされていますが、init の実行をしたと書かれているコマンドは kusanagi provision です。
> $ kusanagi provision dev.***** –wp –fqdn dev.*****.jp –dbname dev.***** –dbuser dev.***** –dbpass dev.*****AA –email *****@*****.co.jp
もしかしたら kusanagi init を実行していないのかもしれません。
ご確認ください。