RubyでのProvision時のLet'sEncrypt取得エラー

タイトルの通りRubyでProvisionを行った場合、下記のエラーが出てLet'sEncryptによるSSL証明書の取得ができません。

/home/kusanagi/******/DocumentRoot does not exist or is not a directory
Cannot get Let\'s Encrypt SSL Certificate files.

Ruby環境でのRootディレクトリの違いによるよるものかと思いますが、対応お願いします。