yum update でアップデートできなくなった

念のため、全文を添付いたします。

# yum –enablerepo=remi,remi-php56 update -y
読み込んだプラグイン:fastestmirror, langpacks
Loading mirror speeds from cached hostfile
* base: http://ftp.iij.ad.jp
* epel: http://ftp.riken.jp
* extras: http://ftp.iij.ad.jp
* remi: repo1.sea.innoscale.net
* remi-php56: repo1.sea.innoscale.net
* updates: http://ftp.iij.ad.jp
依存性の解決をしています
–> トランザクションの確認を実行しています。
—> パッケージ MariaDB-Galera-server.x86_64 0:10.0.30-1.el7.centos を 更新
—> パッケージ MariaDB-Galera-server.x86_64 0:10.0.31-1.el7.centos を アップデート
—> パッケージ MariaDB-client.x86_64 0:10.0.30-1.el7.centos を 更新
—> パッケージ MariaDB-client.x86_64 0:10.0.31-1.el7.centos を アップデート
—> パッケージ MariaDB-common.x86_64 0:10.0.30-1.el7.centos を 更新
—> パッケージ MariaDB-common.x86_64 0:10.0.31-1.el7.centos を アップデート
—> パッケージ MariaDB-devel.x86_64 0:10.0.30-1.el7.centos を 更新
—> パッケージ MariaDB-devel.x86_64 0:10.0.31-1.el7.centos を アップデート
—> パッケージ MariaDB-shared.x86_64 0:10.0.30-1.el7.centos を 更新
—> パッケージ MariaDB-shared.x86_64 0:10.0.31-1.el7.centos を アップデート
—> パッケージ NetworkManager.x86_64 1:1.4.0-17.el7_3 を 更新
—> パッケージ NetworkManager.x86_64 1:1.4.0-20.el7_3 を アップデート
—> パッケージ NetworkManager-libnm.x86_64 1:1.4.0-17.el7_3 を 更新
—> パッケージ NetworkManager-libnm.x86_64 1:1.4.0-20.el7_3 を アップデート
—> パッケージ NetworkManager-team.x86_64 1:1.4.0-17.el7_3 を 更新
—> パッケージ NetworkManager-team.x86_64 1:1.4.0-20.el7_3 を アップデート
—> パッケージ NetworkManager-tui.x86_64 1:1.4.0-17.el7_3 を 更新
—> パッケージ NetworkManager-tui.x86_64 1:1.4.0-20.el7_3 を アップデート
—> パッケージ bind-libs.x86_64 32:9.9.4-38.el7_3.2 を 更新
—> パッケージ bind-libs.x86_64 32:9.9.4-50.el7_3.1 を アップデート
—> パッケージ bind-libs-lite.x86_64 32:9.9.4-38.el7_3.2 を 更新
—> パッケージ bind-libs-lite.x86_64 32:9.9.4-50.el7_3.1 を アップデート
—> パッケージ bind-license.noarch 32:9.9.4-38.el7_3.2 を 更新
—> パッケージ bind-license.noarch 32:9.9.4-50.el7_3.1 を アップデート
—> パッケージ bind-utils.x86_64 32:9.9.4-38.el7_3.2 を 更新
—> パッケージ bind-utils.x86_64 32:9.9.4-50.el7_3.1 を アップデート
—> パッケージ ca-certificates.noarch 0:2015.2.6-73.el7 を 更新
—> パッケージ ca-certificates.noarch 0:2017.2.14-70.1.el7_3 を アップデート
—> パッケージ chkconfig.x86_64 0:1.7.2-1.el7 を 更新
—> パッケージ chkconfig.x86_64 0:1.7.2-1.el7_3.1 を アップデート
—> パッケージ device-mapper.x86_64 7:1.02.135-1.el7_3.3 を 更新
—> パッケージ device-mapper.x86_64 7:1.02.135-1.el7_3.5 を アップデート
—> パッケージ device-mapper-event.x86_64 7:1.02.135-1.el7_3.3 を 更新
—> パッケージ device-mapper-event.x86_64 7:1.02.135-1.el7_3.5 を アップデート
—> パッケージ device-mapper-event-libs.x86_64 7:1.02.135-1.el7_3.3 を 更新
—> パッケージ device-mapper-event-libs.x86_64 7:1.02.135-1.el7_3.5 を アップデート
—> パッケージ device-mapper-libs.x86_64 7:1.02.135-1.el7_3.3 を 更新
—> パッケージ device-mapper-libs.x86_64 7:1.02.135-1.el7_3.5 を アップデート
—> パッケージ dmidecode.x86_64 1:3.0-2.el7 を 更新
—> パッケージ dmidecode.x86_64 1:3.0-2.1.el7_3 を アップデート
—> パッケージ dracut.x86_64 0:033-463.el7 を 更新
—> パッケージ dracut.x86_64 0:033-463.el7_3.2 を アップデート
—> パッケージ dracut-config-rescue.x86_64 0:033-463.el7 を 更新
—> パッケージ dracut-config-rescue.x86_64 0:033-463.el7_3.2 を アップデート
—> パッケージ dracut-network.x86_64 0:033-463.el7 を 更新
—> パッケージ dracut-network.x86_64 0:033-463.el7_3.2 を アップデート
—> パッケージ firewalld.noarch 0:0.4.3.2-8.1.el7_3.2 を 更新
—> パッケージ firewalld.noarch 0:0.4.3.2-8.1.el7_3.3 を アップデート
—> パッケージ firewalld-filesystem.noarch 0:0.4.3.2-8.1.el7_3.2 を 更新
—> パッケージ firewalld-filesystem.noarch 0:0.4.3.2-8.1.el7_3.3 を アップデート
—> パッケージ galera.x86_64 0:25.3.19-1.rhel7.el7.centos を 更新
—> パッケージ galera.x86_64 0:25.3.20-1.rhel7.el7.centos を アップデート
—> パッケージ gawk.x86_64 0:4.0.2-4.el7 を 更新
—> パッケージ gawk.x86_64 0:4.0.2-4.el7_3.1 を アップデート
—> パッケージ gd-last.x86_64 0:2.2.3-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ gd-last.x86_64 0:2.2.4-1.el7.remi を アップデート
—> パッケージ ghostscript.x86_64 0:9.07-20.el7_3.3 を 更新
—> パッケージ ghostscript.x86_64 0:9.07-20.el7_3.7 を アップデート
—> パッケージ glibc.x86_64 0:2.17-157.el7_3.1 を 更新
—> パッケージ glibc.x86_64 0:2.17-157.el7_3.4 を アップデート
—> パッケージ glibc-common.x86_64 0:2.17-157.el7_3.1 を 更新
—> パッケージ glibc-common.x86_64 0:2.17-157.el7_3.4 を アップデート
—> パッケージ glibc-devel.x86_64 0:2.17-157.el7_3.1 を 更新
—> パッケージ glibc-devel.x86_64 0:2.17-157.el7_3.4 を アップデート
—> パッケージ glibc-headers.x86_64 0:2.17-157.el7_3.1 を 更新
—> パッケージ glibc-headers.x86_64 0:2.17-157.el7_3.4 を アップデート
—> パッケージ grubby.x86_64 0:8.28-18.el7 を 更新
—> パッケージ grubby.x86_64 0:8.28-21.el7_3 を アップデート
—> パッケージ initscripts.x86_64 0:9.49.37-1.el7 を 更新
—> パッケージ initscripts.x86_64 0:9.49.37-1.el7_3.1 を アップデート
—> パッケージ irqbalance.x86_64 3:1.0.7-6.el7 を 更新
—> パッケージ irqbalance.x86_64 3:1.0.7-6.el7_3.1 を アップデート
—> パッケージ jasper-libs.x86_64 0:1.900.1-29.el7 を 更新
—> パッケージ jasper-libs.x86_64 0:1.900.1-30.el7_3 を アップデート
—> パッケージ kernel.x86_64 0:3.10.0-514.26.2.el7 を インストール
—> パッケージ kernel-devel.x86_64 0:3.10.0-514.26.2.el7 を インストール
—> パッケージ kernel-headers.x86_64 0:3.10.0-514.10.2.el7 を 更新
—> パッケージ kernel-headers.x86_64 0:3.10.0-514.26.2.el7 を アップデート
—> パッケージ kernel-tools.x86_64 0:3.10.0-514.10.2.el7 を 更新
—> パッケージ kernel-tools.x86_64 0:3.10.0-514.26.2.el7 を アップデート
—> パッケージ kernel-tools-libs.x86_64 0:3.10.0-514.10.2.el7 を 更新
—> パッケージ kernel-tools-libs.x86_64 0:3.10.0-514.26.2.el7 を アップデート
—> パッケージ kpartx.x86_64 0:0.4.9-99.el7_3.1 を 更新
—> パッケージ kpartx.x86_64 0:0.4.9-99.el7_3.3 を アップデート
—> パッケージ kusanagi.noarch 0:8.0.6-1 を 更新
—> パッケージ kusanagi.noarch 0:8.0.7-3 を アップデート
–> 依存性の処理をしています: pngquant のパッケージ: kusanagi-8.0.7-3.noarch
–> 依存性の処理をしています: optipng のパッケージ: kusanagi-8.0.7-3.noarch
—> パッケージ kusanagi-hhvm.noarch 0:3.18.2-1 を 更新
—> パッケージ kusanagi-hhvm.noarch 0:3.19.1-1 を アップデート
–> 依存性の処理をしています: libre2.so.0()(64bit) のパッケージ: kusanagi-hhvm-3.19.1-1.noarch
—> パッケージ kusanagi-httpd.noarch 0:2.4.25-1 を 更新
—> パッケージ kusanagi-httpd.noarch 0:2.4.26-1 を アップデート
—> パッケージ kusanagi-mozjpeg.x86_64 0:3.2-1.el7.centos を 非推奨
—> パッケージ kusanagi-nginx.noarch 0:1.11.13-1 を 更新
—> パッケージ kusanagi-nginx.noarch 0:1.13.2-1 を アップデート
—> パッケージ kusanagi-openssl.noarch 0:1.0.2k-1 を 更新
—> パッケージ kusanagi-openssl.noarch 0:1.0.2l-1 を アップデート
—> パッケージ kusanagi-php7.noarch 0:7.0.17-1 を 更新
—> パッケージ kusanagi-php7.noarch 0:7.0.20-1 を アップデート
—> パッケージ kusanagi-wp.noarch 0:4.7.3-1 を 更新
—> パッケージ kusanagi-wp.noarch 0:4.8-1 を アップデート
—> パッケージ kusanagi-wp-cli.noarch 0:1.1.0-1 を 更新
—> パッケージ kusanagi-wp-cli.noarch 0:1.2.1-1 を アップデート
—> パッケージ libblkid.x86_64 0:2.23.2-33.el7 を 更新
—> パッケージ libblkid.x86_64 0:2.23.2-33.el7_3.2 を アップデート
—> パッケージ libgudev1.x86_64 0:219-30.el7_3.7 を 更新
—> パッケージ libgudev1.x86_64 0:219-30.el7_3.9 を アップデート
—> パッケージ libidn2.x86_64 0:0.16-1.el7 を 更新
—> パッケージ libidn2.x86_64 0:2.0.2-1.el7 を アップデート
—> パッケージ libjpeg-turbo.x86_64 0:1.2.90-5.el7 を 不要
—> パッケージ libmount.x86_64 0:2.23.2-33.el7 を 更新
—> パッケージ libmount.x86_64 0:2.23.2-33.el7_3.2 を アップデート
—> パッケージ libnetfilter_conntrack.x86_64 0:1.0.4-2.el7 を 更新
—> パッケージ libnetfilter_conntrack.x86_64 0:1.0.6-1.el7_3 を アップデート
—> パッケージ libsss_idmap.x86_64 0:1.14.0-43.el7_3.11 を 更新
—> パッケージ libsss_idmap.x86_64 0:1.14.0-43.el7_3.18 を アップデート
—> パッケージ libsss_nss_idmap.x86_64 0:1.14.0-43.el7_3.11 を 更新
—> パッケージ libsss_nss_idmap.x86_64 0:1.14.0-43.el7_3.18 を アップデート
—> パッケージ libtirpc.x86_64 0:0.2.4-0.8.el7 を 更新
—> パッケージ libtirpc.x86_64 0:0.2.4-0.8.el7_3 を アップデート
—> パッケージ libtool.x86_64 0:2.4.2-21.el7_2 を 更新
—> パッケージ libtool.x86_64 0:2.4.2-22.el7_3 を アップデート
—> パッケージ libtool-ltdl.x86_64 0:2.4.2-21.el7_2 を 更新
—> パッケージ libtool-ltdl.x86_64 0:2.4.2-22.el7_3 を アップデート
—> パッケージ libuuid.x86_64 0:2.23.2-33.el7 を 更新
—> パッケージ libuuid.x86_64 0:2.23.2-33.el7_3.2 を アップデート
—> パッケージ lsyncd.x86_64 0:2.1.5-6.el7 を 更新
—> パッケージ lsyncd.x86_64 0:2.2.2-1.el7 を アップデート
—> パッケージ lvm2.x86_64 7:2.02.166-1.el7_3.3 を 更新
—> パッケージ lvm2.x86_64 7:2.02.166-1.el7_3.5 を アップデート
—> パッケージ lvm2-libs.x86_64 7:2.02.166-1.el7_3.3 を 更新
—> パッケージ lvm2-libs.x86_64 7:2.02.166-1.el7_3.5 を アップデート
—> パッケージ mod_ssl.x86_64 1:2.4.6-45.el7.centos を 更新
—> パッケージ mod_ssl.x86_64 1:2.4.6-45.el7.centos.4 を アップデート
—> パッケージ nss.x86_64 0:3.28.2-1.6.el7_3 を 更新
—> パッケージ nss.x86_64 0:3.28.4-1.2.el7_3 を アップデート
—> パッケージ nss-sysinit.x86_64 0:3.28.2-1.6.el7_3 を 更新
—> パッケージ nss-sysinit.x86_64 0:3.28.4-1.2.el7_3 を アップデート
—> パッケージ nss-tools.x86_64 0:3.28.2-1.6.el7_3 を 更新
—> パッケージ nss-tools.x86_64 0:3.28.4-1.2.el7_3 を アップデート
—> パッケージ nss-util.x86_64 0:3.28.2-1.1.el7_3 を 更新
—> パッケージ nss-util.x86_64 0:3.28.4-1.0.el7_3 を アップデート
—> パッケージ ntp.x86_64 0:4.2.6p5-25.el7.centos.1 を 更新
—> パッケージ ntp.x86_64 0:4.2.6p5-25.el7.centos.2 を アップデート
—> パッケージ ntpdate.x86_64 0:4.2.6p5-25.el7.centos.1 を 更新
—> パッケージ ntpdate.x86_64 0:4.2.6p5-25.el7.centos.2 を アップデート
—> パッケージ ntsysv.x86_64 0:1.7.2-1.el7 を 更新
—> パッケージ ntsysv.x86_64 0:1.7.2-1.el7_3.1 を アップデート
—> パッケージ openssh.x86_64 0:6.6.1p1-33.el7_3 を 更新
—> パッケージ openssh.x86_64 0:6.6.1p1-35.el7_3 を アップデート
—> パッケージ openssh-clients.x86_64 0:6.6.1p1-33.el7_3 を 更新
—> パッケージ openssh-clients.x86_64 0:6.6.1p1-35.el7_3 を アップデート
—> パッケージ openssh-server.x86_64 0:6.6.1p1-33.el7_3 を 更新
—> パッケージ openssh-server.x86_64 0:6.6.1p1-35.el7_3 を アップデート
—> パッケージ php.x86_64 0:5.6.28-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ php.x86_64 0:5.6.31-1.el7.remi を アップデート
—> パッケージ php-cli.x86_64 0:5.6.28-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ php-cli.x86_64 0:5.6.31-1.el7.remi を アップデート
—> パッケージ php-common.x86_64 0:5.6.28-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ php-common.x86_64 0:5.6.31-1.el7.remi を アップデート
—> パッケージ php-devel.x86_64 0:5.6.28-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ php-devel.x86_64 0:5.6.31-1.el7.remi を アップデート
—> パッケージ php-fpm.x86_64 0:5.6.28-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ php-fpm.x86_64 0:5.6.31-1.el7.remi を アップデート
—> パッケージ php-gd.x86_64 0:5.6.28-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ php-gd.x86_64 0:5.6.31-1.el7.remi を アップデート
—> パッケージ php-mbstring.x86_64 0:5.6.28-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ php-mbstring.x86_64 0:5.6.31-1.el7.remi を アップデート
—> パッケージ php-mcrypt.x86_64 0:5.6.28-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ php-mcrypt.x86_64 0:5.6.31-1.el7.remi を アップデート
—> パッケージ php-mysqlnd.x86_64 0:5.6.28-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ php-mysqlnd.x86_64 0:5.6.31-1.el7.remi を アップデート
—> パッケージ php-opcache.x86_64 0:5.6.28-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ php-opcache.x86_64 0:5.6.31-1.el7.remi を アップデート
—> パッケージ php-pdo.x86_64 0:5.6.28-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ php-pdo.x86_64 0:5.6.31-1.el7.remi を アップデート
—> パッケージ php-pear.noarch 1:1.10.1-7.el7.remi を 更新
—> パッケージ php-pear.noarch 1:1.10.5-2.el7.remi を アップデート
—> パッケージ php-pecl-jsonc.x86_64 0:1.3.10-1.el7.remi.5.6 を 更新
—> パッケージ php-pecl-jsonc.x86_64 0:1.3.10-2.el7.remi.5.6 を アップデート
—> パッケージ php-pecl-jsonc-devel.x86_64 0:1.3.10-1.el7.remi.5.6 を 更新
—> パッケージ php-pecl-jsonc-devel.x86_64 0:1.3.10-2.el7.remi.5.6 を アップデート
—> パッケージ php-pecl-zip.x86_64 0:1.13.5-1.el7.remi.5.6 を 更新
—> パッケージ php-pecl-zip.x86_64 0:1.14.0-1.el7.remi.5.6 を アップデート
–> 依存性の処理をしています: libzip.so.5()(64bit) のパッケージ: php-pecl-zip-1.14.0-1.el7.remi.5.6.x86_64
—> パッケージ php-process.x86_64 0:5.6.28-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ php-process.x86_64 0:5.6.31-1.el7.remi を アップデート
—> パッケージ php-xml.x86_64 0:5.6.28-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ php-xml.x86_64 0:5.6.31-1.el7.remi を アップデート
—> パッケージ php-xmlrpc.x86_64 0:5.6.28-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ php-xmlrpc.x86_64 0:5.6.31-1.el7.remi を アップデート
—> パッケージ polkit.x86_64 0:0.112-11.el7_3 を 更新
—> パッケージ polkit.x86_64 0:0.112-12.el7_3 を アップデート
—> パッケージ python-dmidecode.x86_64 0:3.10.13-11.el7 を 更新
—> パッケージ python-dmidecode.x86_64 0:3.10.13-12.el7_3 を アップデート
—> パッケージ python-firewall.noarch 0:0.4.3.2-8.1.el7_3.2 を 更新
—> パッケージ python-firewall.noarch 0:0.4.3.2-8.1.el7_3.3 を アップデート
—> パッケージ python-perf.x86_64 0:3.10.0-514.10.2.el7 を 更新
—> パッケージ python-perf.x86_64 0:3.10.0-514.26.2.el7 を アップデート
—> パッケージ remi-release.noarch 0:7.2-1.el7.remi を 更新
—> パッケージ remi-release.noarch 0:7.3-2.el7.remi を アップデート
—> パッケージ rpcbind.x86_64 0:0.2.0-38.el7 を 更新
—> パッケージ rpcbind.x86_64 0:0.2.0-38.el7_3.1 を アップデート
—> パッケージ sssd-client.x86_64 0:1.14.0-43.el7_3.11 を 更新
—> パッケージ sssd-client.x86_64 0:1.14.0-43.el7_3.18 を アップデート
—> パッケージ sudo.x86_64 0:1.8.6p7-21.el7_3 を 更新
—> パッケージ sudo.x86_64 0:1.8.6p7-23.el7_3 を アップデート
—> パッケージ systemd.x86_64 0:219-30.el7_3.7 を 更新
—> パッケージ systemd.x86_64 0:219-30.el7_3.9 を アップデート
—> パッケージ systemd-libs.x86_64 0:219-30.el7_3.7 を 更新
—> パッケージ systemd-libs.x86_64 0:219-30.el7_3.9 を アップデート
—> パッケージ systemd-python.x86_64 0:219-30.el7_3.7 を 更新
—> パッケージ systemd-python.x86_64 0:219-30.el7_3.9 を アップデート
—> パッケージ systemd-sysv.x86_64 0:219-30.el7_3.7 を 更新
—> パッケージ systemd-sysv.x86_64 0:219-30.el7_3.9 を アップデート
—> パッケージ tuned.noarch 0:2.7.1-3.el7_3.1 を 更新
—> パッケージ tuned.noarch 0:2.7.1-3.el7_3.2 を アップデート
—> パッケージ util-linux.x86_64 0:2.23.2-33.el7 を 更新
—> パッケージ util-linux.x86_64 0:2.23.2-33.el7_3.2 を アップデート
—> パッケージ xfsprogs.x86_64 0:4.5.0-9.el7_3 を 更新
—> パッケージ xfsprogs.x86_64 0:4.5.0-10.el7_3 を アップデート
—> パッケージ zabbix-agent.x86_64 0:3.0.8-2.el7 を 更新
—> パッケージ zabbix-agent.x86_64 0:3.0.9-1.el7 を アップデート
–> トランザクションの確認を実行しています。
—> パッケージ libzip5.x86_64 0:1.2.0-1.el7.remi を インストール
—> パッケージ optipng.x86_64 0:0.7.4-4.el7 を インストール
—> パッケージ pngquant.x86_64 0:2.7.2-1.el7 を インストール
–> 依存性の処理をしています: libimagequant(x86-64) = 2.7.2-1.el7 のパッケージ: pngquant-2.7.2-1.el7.x86_64
—> パッケージ re2.x86_64 0:20160401-2.el7 を インストール
–> トランザクションの確認を実行しています。
—> パッケージ libimagequant.x86_64 0:2.7.2-1.el7 を インストール
–> 依存性解決を終了しました。
–> トランザクションの確認を実行しています。
—> パッケージ kernel.x86_64 0:3.10.0-327.36.3.el7 を 削除
—> パッケージ kernel-devel.x86_64 0:3.10.0-327.36.3.el7 を 削除
–> 依存性解決を終了しました。

依存性を解決しました

=======================================================================================================================
Package アーキテクチャー バージョン リポジトリー 容量
=======================================================================================================================
インストール中:
kernel x86_64 3.10.0-514.26.2.el7 updates 37 M
kernel-devel x86_64 3.10.0-514.26.2.el7 updates 13 M
kusanagi-mozjpeg x86_64 3.2-1.el7.centos kusanagi 343 k
libjpeg-turbo.x86_64 1.2.90-5.el7 を入れ替えます
更新します:
MariaDB-Galera-server x86_64 10.0.31-1.el7.centos mariadb 32 M
MariaDB-client x86_64 10.0.31-1.el7.centos mariadb 10 M
MariaDB-common x86_64 10.0.31-1.el7.centos mariadb 43 k
MariaDB-devel x86_64 10.0.31-1.el7.centos mariadb 6.3 M
MariaDB-shared x86_64 10.0.31-1.el7.centos mariadb 1.2 M
NetworkManager x86_64 1:1.4.0-20.el7_3 updates 2.5 M
NetworkManager-libnm x86_64 1:1.4.0-20.el7_3 updates 443 k
NetworkManager-team x86_64 1:1.4.0-20.el7_3 updates 147 k
NetworkManager-tui x86_64 1:1.4.0-20.el7_3 updates 224 k
bind-libs x86_64 32:9.9.4-50.el7_3.1 updates 1.0 M
bind-libs-lite x86_64 32:9.9.4-50.el7_3.1 updates 730 k
bind-license noarch 32:9.9.4-50.el7_3.1 updates 83 k
bind-utils x86_64 32:9.9.4-50.el7_3.1 updates 202 k
ca-certificates noarch 2017.2.14-70.1.el7_3 updates 438 k
chkconfig x86_64 1.7.2-1.el7_3.1 updates 175 k
device-mapper x86_64 7:1.02.135-1.el7_3.5 updates 269 k
device-mapper-event x86_64 7:1.02.135-1.el7_3.5 updates 178 k
device-mapper-event-libs x86_64 7:1.02.135-1.el7_3.5 updates 177 k
device-mapper-libs x86_64 7:1.02.135-1.el7_3.5 updates 333 k
dmidecode x86_64 1:3.0-2.1.el7_3 updates 83 k
dracut x86_64 033-463.el7_3.2 updates 318 k
dracut-config-rescue x86_64 033-463.el7_3.2 updates 54 k
dracut-network x86_64 033-463.el7_3.2 updates 96 k
firewalld noarch 0.4.3.2-8.1.el7_3.3 updates 386 k
firewalld-filesystem noarch 0.4.3.2-8.1.el7_3.3 updates 45 k
galera x86_64 25.3.20-1.rhel7.el7.centos mariadb 8.0 M
gawk x86_64 4.0.2-4.el7_3.1 updates 874 k
gd-last x86_64 2.2.4-1.el7.remi remi 131 k
ghostscript x86_64 9.07-20.el7_3.7 updates 4.3 M
glibc x86_64 2.17-157.el7_3.4 updates 3.6 M
glibc-common x86_64 2.17-157.el7_3.4 updates 11 M
glibc-devel x86_64 2.17-157.el7_3.4 updates 1.1 M
glibc-headers x86_64 2.17-157.el7_3.4 updates 669 k
grubby x86_64 8.28-21.el7_3 updates 70 k
initscripts x86_64 9.49.37-1.el7_3.1 updates 432 k
irqbalance x86_64 3:1.0.7-6.el7_3.1 updates 44 k
jasper-libs x86_64 1.900.1-30.el7_3 updates 150 k
kernel-headers x86_64 3.10.0-514.26.2.el7 updates 4.8 M
kernel-tools x86_64 3.10.0-514.26.2.el7 updates 4.0 M
kernel-tools-libs x86_64 3.10.0-514.26.2.el7 updates 3.9 M
kpartx x86_64 0.4.9-99.el7_3.3 updates 68 k
kusanagi noarch 8.0.7-3 kusanagi 2.4 M
kusanagi-hhvm noarch 3.19.1-1 kusanagi 28 M
kusanagi-httpd noarch 2.4.26-1 kusanagi 8.2 M
kusanagi-nginx noarch 1.13.2-1 kusanagi 785 k
kusanagi-openssl noarch 1.0.2l-1 kusanagi 3.2 M
kusanagi-php7 noarch 7.0.20-1 kusanagi 15 M
kusanagi-wp noarch 4.8-1 kusanagi 7.0 M
kusanagi-wp-cli noarch 1.2.1-1 kusanagi 1.0 M
libblkid x86_64 2.23.2-33.el7_3.2 updates 170 k
libgudev1 x86_64 219-30.el7_3.9 updates 77 k
libidn2 x86_64 2.0.2-1.el7 epel 141 k
libmount x86_64 2.23.2-33.el7_3.2 updates 172 k
libnetfilter_conntrack x86_64 1.0.6-1.el7_3 updates 55 k
libsss_idmap x86_64 1.14.0-43.el7_3.18 updates 121 k
libsss_nss_idmap x86_64 1.14.0-43.el7_3.18 updates 119 k
libtirpc x86_64 0.2.4-0.8.el7_3 updates 88 k
libtool x86_64 2.4.2-22.el7_3 updates 588 k
libtool-ltdl x86_64 2.4.2-22.el7_3 updates 49 k
libuuid x86_64 2.23.2-33.el7_3.2 updates 76 k
lsyncd x86_64 2.2.2-1.el7 epel 83 k
lvm2 x86_64 7:2.02.166-1.el7_3.5 updates 1.1 M
lvm2-libs x86_64 7:2.02.166-1.el7_3.5 updates 987 k
mod_ssl x86_64 1:2.4.6-45.el7.centos.4 updates 105 k
nss x86_64 3.28.4-1.2.el7_3 updates 872 k
nss-sysinit x86_64 3.28.4-1.2.el7_3 updates 58 k
nss-tools x86_64 3.28.4-1.2.el7_3 updates 496 k
nss-util x86_64 3.28.4-1.0.el7_3 updates 73 k
ntp x86_64 4.2.6p5-25.el7.centos.2 updates 547 k
ntpdate x86_64 4.2.6p5-25.el7.centos.2 updates 86 k
ntsysv x86_64 1.7.2-1.el7_3.1 updates 38 k
openssh x86_64 6.6.1p1-35.el7_3 updates 438 k
openssh-clients x86_64 6.6.1p1-35.el7_3 updates 642 k
openssh-server x86_64 6.6.1p1-35.el7_3 updates 440 k
php x86_64 5.6.31-1.el7.remi remi-php56 2.6 M
php-cli x86_64 5.6.31-1.el7.remi remi-php56 4.0 M
php-common x86_64 5.6.31-1.el7.remi remi-php56 1.1 M
php-devel x86_64 5.6.31-1.el7.remi remi-php56 962 k
php-fpm x86_64 5.6.31-1.el7.remi remi-php56 1.4 M
php-gd x86_64 5.6.31-1.el7.remi remi-php56 85 k
php-mbstring x86_64 5.6.31-1.el7.remi remi-php56 568 k
php-mcrypt x86_64 5.6.31-1.el7.remi remi-php56 53 k
php-mysqlnd x86_64 5.6.31-1.el7.remi remi-php56 297 k
php-opcache x86_64 5.6.31-1.el7.remi remi-php56 134 k
php-pdo x86_64 5.6.31-1.el7.remi remi-php56 138 k
php-pear noarch 1:1.10.5-2.el7.remi remi 354 k
php-pecl-jsonc x86_64 1.3.10-2.el7.remi.5.6 remi-php56 57 k
php-pecl-jsonc-devel x86_64 1.3.10-2.el7.remi.5.6 remi-php56 32 k
php-pecl-zip x86_64 1.14.0-1.el7.remi.5.6 remi-php56 56 k
php-process x86_64 5.6.31-1.el7.remi remi-php56 75 k
php-xml x86_64 5.6.31-1.el7.remi remi-php56 249 k
php-xmlrpc x86_64 5.6.31-1.el7.remi remi-php56 76 k
polkit x86_64 0.112-12.el7_3 updates 167 k
python-dmidecode x86_64 3.10.13-12.el7_3 updates 83 k
python-firewall noarch 0.4.3.2-8.1.el7_3.3 updates 301 k
python-perf x86_64 3.10.0-514.26.2.el7 updates 4.0 M
remi-release noarch 7.3-2.el7.remi remi 11 k
rpcbind x86_64 0.2.0-38.el7_3.1 updates 59 k
sssd-client x86_64 1.14.0-43.el7_3.18 updates 173 k
sudo x86_64 1.8.6p7-23.el7_3 updates 735 k
systemd x86_64 219-30.el7_3.9 updates 5.2 M
systemd-libs x86_64 219-30.el7_3.9 updates 369 k
systemd-python x86_64 219-30.el7_3.9 updates 110 k
systemd-sysv x86_64 219-30.el7_3.9 updates 64 k
tuned noarch 2.7.1-3.el7_3.2 updates 210 k
util-linux x86_64 2.23.2-33.el7_3.2 updates 1.9 M
xfsprogs x86_64 4.5.0-10.el7_3 updates 895 k
zabbix-agent x86_64 3.0.9-1.el7 zabbix 335 k
削除中:
kernel x86_64 3.10.0-327.36.3.el7 @updates 136 M
kernel-devel x86_64 3.10.0-327.36.3.el7 @updates 33 M
依存性関連でのインストールをします:
libimagequant x86_64 2.7.2-1.el7 epel 53 k
libzip5 x86_64 1.2.0-1.el7.remi remi 56 k
optipng x86_64 0.7.4-4.el7 base 85 k
pngquant x86_64 2.7.2-1.el7 epel 70 k
re2 x86_64 20160401-2.el7 epel 170 k

トランザクションの要約
=======================================================================================================================
インストール 3 パッケージ (+5 個の依存関係のパッケージ)
更新 108 パッケージ
削除 2 パッケージ

合計容量: 251 M
Downloading packages:
Running transaction check
Running transaction test

Transaction check error:
file /var/www/html/index.html conflicts between attempted installs of kusanagi-httpd-2.4.26-1.noarch and kusanagi-nginx-1.13.2-1.noarch

エラーの要約
————-

[root@kusanagi71 conf.d]#

ありがとうございます。
yum update の場合の結果も同様で、同じエラーが出て終了します。

ありがとうございます。
当該記事を参照のうえ、yum -C update を試してみましたが、同じエラーで終了しました。

Transaction check error:
file /var/www/html/index.html conflicts between attempted installs of kusanagi-httpd-2.4.26-1.noarch and kusanagi-nginx-1.13.2-1.noarch

httpd と nginx がコンフリクトしている、と言うことなのでしょうが、これが何を指しているのかなかなか分かりません。

文面からするとその様なので、httpd.conf と nginx.conf のドキュメントルートの項目などを修正してみたのですが、エラーは解消されませんでした。
いったいどの部分を指して conflict と言っているのか分かれば対応のしようもあるのですが…。

Transaction check error:
file /var/www/html/index.html conflicts between attempted installs of kusanagi-httpd-2.4.26-1.noarch and kusanagi-nginx-1.13.2-1.noarch

httpd と nginx がコンフリクトしている、と言うことなので kusanagi-httpd.noarch を削除すれば良いのかもしれない？と思いつきましたが、

yum remove kusanagi-httpd.noarch

としても問題ないでしょうか？

WEBサーバには nginx を指定していますので httpd は使用していませんが、このコマンドでサーバが落ちてしまうと困るので、試すことができません。
詳しい方に教えていただけると助かります。

そうですね。
ここで解決ができなければ、別サーバを借り直して、データ移行するしかないと考えています。