初めまして、VPSでのKUSANAGI9ユーザーの者です。

VBOX上でのKUSANAGIと異なる可能性があることを踏まえての回答になりますが、

Vagrant上のKUSANAGI9にSSH接続できていらっしゃるかと思いますが、KUSANAGI9の初期設定である
kusanagi init
コマンドは実行されましたでしょうか。このコマンドにおいてkusanagiユーザーのパスワードを設定し、この時点でkusanagiユーザーが設定されるものと考えております。
そのためinitを実行していないのでしたらそもそもkusanagiユーザーへのログインは不可能かと思います。
なお、initはsudo可能なアカウントで実行するものであると考えています。