自己レス

KUSANAGIの不具合だったみたいですね。アップデートで解決と出ています。

KUSANAGI バージョンアップ情報 8.4.6-1

KUSANAGIのアップデートを行いました。
Let’s Encryptの証明書を設定・更新する際にcertbot-autoの警告が出力される場合がある不具合の修正を行いました。
最新バージョンへのアップデートについては、以下のコマンドで適用可能です。

#yum update -y