FAQは読みました、
貼っていただいた記事にも目を通してすでに実行済みですが、改善されません。
モジュールのアップデートが必須であればマニュアルを修正してほしいところですが..
試した内容は下記です。
①
yum clean all
yum update kusanagi –disablerepo=mariadb
②
yum update –enablerepo=remi,remi-php56 –disablerepo=mariadb
yum update –enablerepo=remi,remi-php56
③
yum update kusanagi
yum update –enablerepo=remi,remi-php56
②の後、サーバを再起動し、yum clean allをした後③を実行しました。