PHP7系はKUSANAGI独自でビルドされたものがKUSANAGIのリポジトリから提供されています。
PHP7系を利用したい場合でも、remiリポジトリからPHP7系を入れる必要はありません。
おそらくyum.repo.d の remi-php71 をenableにしているかと思いますので、それをdisableに変更するか下記のようなコマンドならアップデート行えるかと思います。
yum --disablerepo=remi-php71 -–enablerepo=remi,remi-php56 update -y
また、PHP7系への切り替えはドキュメントにもある通り下記コマンドで切りかえることができます。
kusanagi php7
詳しくはドキュメントを参照してください。
https://kusanagi.tokyo/document/command/#php7