ma-to さん、こんにちは。
KUSANAGI で mod_perl は利用できません。
mod_perl ではなく通常の CGI Perl や fastcgi での利用を検討ください。
KUSANAGI で使用する Apache は kusanagi-httpd になります。OS 標準の httpd ではありません。
rpm で入れる mod_perl は OS の httpd 用なので、kusanagi-httpd とバッティングします。
バッティングしているファイルを削除するなど行えば無理矢理にでも rpm から mod_perlを入れられますが、rpm で httpd を入れると、kusanagi-httpd は使えなくなります。当然動作の保証はできなくなります。