katsunakatamisaさん
状況がよく分からないので kusanagi status プロファイル名 や kusanagi -V の結果を貼ってもらえますか。
まず
kusanagi ssl --email メールアドレス サイトアドレス
ここはサイトアドレスではありません。プロファイル名です。
もしかするとプロファイル名をサイトアドレスと同一にしているのかもしれません。
まず、プロファイル名がプロビジョンした際に --fqdn オプションで指定したFQDN名と同一かどうか確認できますか。
kusanagi show プロファイル名 の fqdn に表示されるものがプロビジョンした際に指定したFQDN名です。
どこかでFQDN名が katsunakatamisaさん が想定していたものとずれているのかもしれません。
FQDN名を直したい場合は kusanagi configure --fqdn 新しいFQDN名 プロファイル名 で変更できます。
詳細はドキュメントを参照してください。
なお、wwwありとwwwなしのFQDNを両方有効にしている場合は、表示が一致しない場合があるので気を付けてください。