KUSANAGIで使用できるページキャッシュには、NGINXの機能を使用するfcacheと、KUSANAGI Pluginで実現するbcache があります。
bcache は、WordPressで生成されるページが対象となるため、WordPressのwp-load.phpを読み込んでいないPHPページはキャッシュされません。bcacheをクリアする場合はKUSANAGIプラグイン画面からキャッシュクリアするか、kusanagi bcache clear を実行してください。
一方fcache では、WordPressのwp-load.phpを読み込んでいなくてもキャッシュされます。
fcache を任意のタイミングでクリアする場合は、kusanagi fcache clear を実行してください。