stmkzaさん、koh21numaさん、こんにちは。
Nginxの設定ファイルに関しては、一部kusanagiコマンドが書き換えを行う箇所がありますが、KUSANAGIで管理されているという訳ではありませんので、編集を行って頂くことは問題ありません。
もちろんkusanagiコマンドにて書き換えが発生する箇所を書き換えた場合、場合によってはkusanagiコマンドでの制御ができなくなる可能性がありますが、元に戻せば問題ありません。
現時点でIPV6対応は手動で実施頂く必要があるかと思いますが、現在のkusanagiコマンドでlistenを書き換えることはないはずですので、編集を加えても問題はないと考えます。