type virtualenvの結果がないので具体的に書けませんが、
/usr/bin/virtualenvの検索順番が先に来るようにPATHを設定します。
以下を参考にしてみてください。
https://qiita.com/ozipi/items/29d7ae0b21e476dd7b8e
envコマンドで一時的に実行することもできます。
例)
env PATH=/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin kusanagi update cert