wordpress運用中のサイトので、誤ってkusanagi initを実行してしまった

miz-rさん、こんにちは。

kusanagi init はタイムゾーンの設定や kusanagi ユーザーのパスワードの設定等、サーバーの基本になる設定を行う機能ですので、最初の段階であるならば、止めてしまっても問題は起こらないはずです。
ただし、パスワードの再設定等まで実施してしまうと、最初の設定と変わってしまった場合、何らかの不具合が発生する可能性もありますので、ご注意ください。