yoshichi さん
報告ありがとうございます。
確認したところ、KUSANAGIのリポジトリの不具合であることが分かりました。
kusanagi-mod_security の代わりに kusanagi-httpd24-mod_security がインストールされているのが原因です。
リポジトリの不具合を解消しましたので、kusanagi-httpd24-mod_securityをアンインストールして、再度waf onを実行してみてください。
dnf erase kusanagi-httpd24-mod_security
dnf makecache --refresh
kusanagi waf on