Brownさん、こんにちは。
試してみたことに記載されている
・/etc/nginx/nginx.conf に様々なrewriteを書いてみました。
については、Nginxのデフォルトの設定になりますので、適切ではないかと思われます。
また、
・/home/kusanagi/[(site)]/DocumentRoot/.htaccess にも様々なRewriteを書いてみました。
については、動作しているサーバがNginxであるならば、.htaccessは有効ではありません。
Nginxが前提であれば、
/etc/nginx/conf.d/[プロファイル名]_http.conf
もしくは、SSLで動作している場合
/etc/nginx/conf.d/[プロファイル名]_ssl.conf
の設定を確認頂けると良いかと思われます。
よろしくお願いいたします。