Reply To: SSL証明書を更新すると削除したホスト名でエラー

以下のコマンドを実行することで、letsencryptが管理している証明書を表示できます。
/usr/local/certbot/certbot-auto certificates
おそらく、ここに削除したホスト名が残っているということですね。

以下のコマンドでletsencryptの管理から削除します。
/usr/local/certbot/certbot-auto delete –cert-name 削除したホスト名

再度以下のコマンドを実行して、letsencryptの管理対象から消えたか確認してください。
/usr/local/certbot/certbot-auto certificates