複数provisionを行ったと言うことですが、現状 kusanagi status の内容を見る限りはバージョンも最新ですし問題があるようには見受けられませんので、念のため以下を確認してみてください。
1. /homu/kusanagi/ 以下に現在のprovisionしたディレクトリ以外が存在するか。
2. /etc/nginx/conf.d/ に現在のprovisionした <profile>_http.conf 及び <profile>_ssl.conf だけが存在するか。
現在実行されているプロファイル名と上記ディレクトリ及びconf設定名が合っているか確認をしてみましょう。
また、 cat /etc/kusanagi.conf した時の中身 PROFILE="<profile>" が正しいかも確認してみましょう。