PHPの高速化に関しては、PHP8.1 + WordPress 5.9 移行を使用することで解決済みです。
Certbotの使用に関しては、どうしても証明書更新処理をcronなどで実行することになります。docker-compose内ではcronのような運用できないため、どうしてもホスト側での処理が必要になります。
本番環境で docker-compose で必要かという部分が不透明だった(開発時点では、docker-compose の存続状況が危ぶまれていた)ため、その処理の実装を行っていませんでした。要望があるならば、作成してみようと思います。