こちらで試したところ、Docker version 20.10.14と、docker-compose 1.29.1 および 2.4.1 の組合せでは再現しませんでした。
rm: remove 'wp.sh'? y
というメッセージは、コンテナ内で同じユーザのファイルを削除しているだけなので、本来は出ないはずです。
念のため、docker のバージョンをお教えください。また、以下のように実行するとデバッグメッセージが出力されるので、こちらもお教えいただけると幸いです。
bash -x kusanagi-docker provision --fqdn wp.localhost wordpress
