wp search-replace で、DBの内容を置き換える部分で問題があるようです。
kusanagi ssl –email, kusanagi ssl –cert/–key, kusanagi setting は
DocumentRoot/wp にWordPressを移動しているとうまく動作しません。
なお、上記の状態でもDB上のhttp://FQDN/ が https://FQDN/ に変わらないだけで
Let’s EncryptのSSL証明書が取得でき、NGINXも再起動している状態です。
もし手動で修正したい場合は、root アカウントで以下のようにコマンド実行して下さい。
# FQDNは、provision 時に指定したホスト名を指定して下さい
wp search-replace http://FQDN https://FQDN –path=/home/kusanagi/プロファイル/DocumentRoot/wp/ –all-tables