8.0.3アップデート後にNotFound発生（サイト設定が無効化される）

お世話になります。
別スレッドで 8.0.1 から 8.0.3 へのアップデート方法についてご教授いただき、無事8.0.3
へのアップデートが無事できた者です。

アップデートそのものは yum コマンドにてサクっと実施できたのですが、アップデート後に
サイトURLにアクセスすると 404 NotFound 状態になってしまいました。
当方ではWebサーバーは Apache を使用していますので、「kusanagi-httpd-2.4.25-1.noarch」
のアップデートにて問題が発生したものと考え調査したところ、以下のことがわかりました。

■アップデート前（Apache/2.4.23時）

# ls -la /etc/httpd/conf.d
-rw-r--r--  1 root root 2893 Oct 18 17:11 autoindex.conf
-rw-r--r--  1 root root  740 Nov 18 09:39 [ProfileName]_http.conf
-rw-r--r--  1 root root 2049 Nov 17 11:13 [ProfileName]_ssl.conf
-rw-r--r--  1 root root  113 Oct 18 17:11 http.conf
-rw-r--r--  1 root root 1185 Nov  9 15:18 php.conf
-rw-r--r--  1 root root  366 Oct 18 17:11 README
-rw-r--r--. 1 root root 1123 Jun 29  2016 ssl.conf
-rw-r--r--  1 root root 1252 Oct 18 17:11 userdir.conf
-rw-r--r--  1 root root  824 Oct 18 17:11 welcome.conf

■アップデート後（Apache/2.4.25時）

# ls -la /etc/httpd/conf.d
-rw-r--r--  1 root root 2893 Dec 20 10:56 autoindex.conf
-rw-r--r--  1 root root  785 Feb  7 18:45 [ProfileName]_http.conf
-rw-r--r--  1 root root 2093 Nov 10 11:51 [ProfileName]_ssl.conf
-rw-r--r--  1 root root  113 Dec 20 10:56 _http.conf
-rw-r--r--  1 root root 1185 Dec 20 10:56 php.conf
-rw-r--r--  1 root root  366 Dec 20 10:56 README
-rw-r--r--. 1 root root 1123 Jun 29  2016 _ssl.conf
-rw-r--r--  1 root root 1252 Dec 20 10:56 userdir.conf
-rw-r--r--  1 root root  824 Dec 20 10:56 welcome.conf

原因は/etc/httpd/conf.d ディレクトリの中の「http.conf」と「ssl.conf」にありました。
（アップデート後はファイル名の前に”_”が付与されました。）
プロビジョニング時に自動生成された[ProfileName]_http.conf([ProfileName]_ssl.conf)
ファイル内に「<VirtualHost *:80>」があり、そこにサイトのDocumentRootを含む設定が
記述してあります。
それとは別にhttp.conf(ssl.conf)が存在しており、その中でも「<VirtualHost _default_:80>」
が定義されています。

この状態で、アップデート前は期待通りの動作をしていました。（[ProfileName]_http.confが有効）
アップデート後はサイト公開ができなくなってしまいました。（_http.confが有効）
対処としては、_http.conf、_ssl.conf の拡張子をconf 以外に変更することで
[ProfileName]_http.conf、[ProfileName]_ssl.conf を有効化させることができました。

もともと存在するファイルとプロビジョニング時に自動生成されるファイルとで設定が
被る状態となっているように思いますが、どのような意図があるのでしょうか？

また、アップデート前は同じ設定で問題なく、アップデート後に問題が発生した理由について
何かご存知でしたらご教授頂けると助かります。（先/後勝ちなどの挙動が変更された？）

どこかで説明が記述されていたり、Apacheそのものの仕様（挙動変更）であれば申し訳ありません。
ただ、今後長期運用を検討する中でアップデート時にこういうことが起こり得ることを認識した上で
環境を構築する必要があり、またノウハウとして溜めていきたいと考えています。

よろしくお願いします。