KUSANAGI の nginx では、_http.conf が default_server としてふるまうように設計されていると思いますが、default_server の記述箇所が、server_name ディレクティブにあるため紛らわしい設定になっています。
nginx の挙動として通常は問題なく稼働しますが、例えば
例)kusanagi provision –WordPress _aaa
等で、_http.conf より読み込みが先になる conf を作ってしまうと default_server が移動します。
参考リンク:
How nginx processes a request
listen ディレクティブに、default_server を記述し、default_server を固定するのが適切であるように思います。
貴社の設計ポリシーとすり合わせて意図外の挙動であるのであれば、修正をお願いします。