こんにちは。
PST ManagerからURLを指定してdelayから除外する方法はなさそうです。

力技になってしまいますが、pst.config.yamlのファイルを直接編集する方法ならあります。
試しに1つ何か「/wp-content/cache/autoptimize/css/ほげほげ.css」を除外して、本番化してみてください。
そうすると、pst.config.yamlにそのURLがあるはずです。(shorten urlで _wt になっているかもしれません)
そこを「/wp-content/cache/autoptimize/css/.+.css」と正規表現に置き換えることで、『/wp-content/cache/autoptimize/css/ に含まれるファイル』という条件と実現できます。
ただし、手動で編集するとPST Managerからはマニュアルモードと見なされて、PST Managerから編集できなくなってしまうのでご注意を。

ちなみに、Autoptimizeの機能はWEXALの機能と重複する部分が多くあります。
デザインが崩れるのもその影響と思います。
WEXALを使うならば、Autoptimizeをoffにするのがいいと思います。

KUSANAGI for AWS Premium Editionをデプロイした場合、
起動時に自動的に初期設定とプロファイルのセットアップが行われますので
kusanagi initとkusanagi provisionの操作は不要です。
(2つ目以降のプロファイルを作成する時はkusanagi provisionをします)

もう一度kusanagi initしてしまうと、初回起動で作られた設定を上書きしてしまいます。
その結果、設定に不整合が発生してtargetの切り替えができなくなったのだと思います。

一度EC2インスタンスを破棄して再度デプロイし直すのが早いです。

しっかりと見られていませんが、Themify.meの中にengagement delayしてはいけないスクリプトがあるのだと思います。
何度もリロードするとengagementが上がるので、スクリプトがdelayされなくなり、結果的に想定通りに動作したのでしょう。
WEXAL managerで高速化戦略モードをリソースヒントに切り替えて、Themify.meのスクリプトをengagement delayの適用から外してみてはどうでしょうか。

上の
/usr/local/certbot/certbot-auto delete –cert-name 削除したホスト名
は
/usr/local/certbot/certbot-auto delete 「-」「-」cert-name 削除したホスト名
です。(ハイフン2つ)

type virtualenvの結果がないので具体的に書けませんが、
/usr/bin/virtualenvの検索順番が先に来るようにPATHを設定します。
以下を参考にしてみてください。
https://qiita.com/ozipi/items/29d7ae0b21e476dd7b8e

envコマンドで一時的に実行することもできます。

例)
env PATH=/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin kusanagi update cert

エラーメッセージを見るにvirtualenvがOS標準のものから入れ変わってしまっているんじゃないでしょうか。

type virtualenv
→ /usr/bin/virtualenvですか？
もしそうであれば、PATHを直しましょう。

virtualenv --version
yum info virtualenv
→ この2つのバージョンは一致しますか？
もし一致しなければ、yum reinstall python-virtualenv で入れ直しましょう。

一時しのぎの対処ですが、以下を試してみてください。
yum –enablerepo=remi,remi-php56 update -y --exclude=ImageMagick