type virtualenvの結果がないので具体的に書けませんが、
/usr/bin/virtualenvの検索順番が先に来るようにPATHを設定します。
以下を参考にしてみてください。
https://qiita.com/ozipi/items/29d7ae0b21e476dd7b8e

envコマンドで一時的に実行することもできます。

例)
env PATH=/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin kusanagi update cert

エラーメッセージを見るにvirtualenvがOS標準のものから入れ変わってしまっているんじゃないでしょうか。

type virtualenv
→ /usr/bin/virtualenvですか？
もしそうであれば、PATHを直しましょう。

virtualenv --version
yum info virtualenv
→ この2つのバージョンは一致しますか？
もし一致しなければ、yum reinstall python-virtualenv で入れ直しましょう。

一時しのぎの対処ですが、以下を試してみてください。
yum –enablerepo=remi,remi-php56 update -y --exclude=ImageMagick