CONOHA VPS+KUSANAGI(LAMP) 環境でSSLが反映されない

いつもお世話になっております。

CONOHA VPS+KUSANAGI(LAMP) APACHE 環境で、study.drupal10.xyzのドメインに設定した後、SSL化を行おうとしたところエラーが発生しました。

ドキュメントルートは、設定ファイルで「DocumentRoot /home/kusanagi/studydrupal/drupal10/web」に設定されていますが、SSLコマンドを実施時にドキュメントルートが正しく設定されていないようです。

ちなみに、エラーとなるドキュメントルートは、変更前のもので、設定ファイルにはどこにも存在しません。GREPで確認しました（現在使用していないNGINX設定ファイルも残っていたので念のため変更しています）

なにかわかることがあればご教授いただけると助かります。
宜しくお願い致します。

【実施したコマンドとレスポンス】

[root@160-251-78-76 studydrupal]# kusanagi configure --fqdn study.drupal10.xyz
/etc/pki certificate is in place, no need to change the server config.
reload completed.
configure completed.

Saving debug log to /var/log/letsencrypt/letsencrypt.log
Some challenges have failed.
Ask for help or search for solutions at https://community.letsencrypt.org. See the logfile /var/log/letsencrypt/lets
encrypt.log or re-run Certbot with -v for more details.
Execution failed: certbot certonly --text --noninteractive --webroot -w /home/kusanagi/studydrupal/DocumentRoot -d study.drupal10.xyz -m admin@sinceretechnology.com.au --agree-tos
Return code was 1
Failed to get Let's Encrypt SSL certificate files.
kusanagi ssl: error: command returned 1
kusanagi ssl: error: ssl failed

【APCHE設定ファイル】

<VirtualHost *:80>
        ServerAdmin webmaster@example.com
        DocumentRoot /home/kusanagi/studydrupal/drupal10/web
        ServerName study.drupal10.xyz
        ErrorLog  /home/kusanagi/studydrupal/log/httpd/error.log
        CustomLog /home/kusanagi/studydrupal/log/httpd/access.log kusanagi env=!no_log
        <IfModule mod_security2.c>
                #IncludeOptional modsecurity.d/kusanagi_activated_rules/general/*.conf
                #SecAuditLog /home/kusanagi/studydrupal/log/httpd/waf.log
        </IfModule>
        <Directory "/home/kusanagi/studydrupal/drupal10">
                Require all granted
                AllowOverride All
                Options FollowSymlinks
        </Directory>
        <ifModule mod_rewrite.c>
                RewriteEngine Off
                RewriteCond %{HTTPS} off
                RewriteRule ^(.*)$ https://%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [R,L]
        </ifModule>
        Include conf.d/lamp.inc
</VirtualHost>