自己レスです。
kusanagi provision を –wp オプションで実行すると /opt/kusanagi/lib64/～/wp.sh が実行される。
wp.sh に wget を実行する記述を確認したので、.wgetrc を用意してプロキシの設定をすることで、プロキシまでの接続はできるようになりました（wgetコマンドがプロキシを認識した）。ここからは環境依存なのか、プロキシからのレスポンスを待つ間に Connection Time Out になり、kusanagi provision 自体は failed となった（20回繰り返す）。タイムアウト設定を調整してみたが変わらず。
ここからは自己責任ですが、WordPressファイルはダウンロードできているので、wp.sh を少々修正することで、ローカルに置いたWordPressファイルを処理させ、kusanagi provision を –wp オプションで正常に完了することを確認しています。