「(6/21公開の)このアップデート」と書きましたが、
正確には直近で行ったアップデートが6/6公開のこちらのアップデートです。

なので、厳密に言えば「6/21以降に公開されたアップデートを適応して以降」となります。

こちら再現性はあります。

以下再現手順の詳細です。

– さくらのVPSでprovisionと推奨されるセキュリティ設定の「1 wp-config.phpの安全性を高める」と「4 その他、ディレクトリのパーミッションを適切に設定する」を設定
– yum update, kusanagi update plugin, WordPress本体のアップデートを行う
を完了させた段階で、テーマにはデフォルトのTwenty Fifteen, Twenty Sixteen, Twenty Seventeenの３つがあり、Twenty
Seventeenが有効化されています。

ここで、管理メニューのKUSANAGI > デバイス切替 からいずれかのグループを選択すると（https://example.com/wp-admin/admin.php?page=kusanagi-core%2Fcore.php&tab=theme-switcher&action=edit_group&group_id=2 以下、テーマ選択画面）、テーマ欄のプルダウンには「現在のテーマを使用, Twenty Sixteen, Twenty Fifteen」の３つが表示されます。（正常）

次に、テーマのTwenty Sixteenを削除してテーマ選択画面を開くと削除したはずのTwenty Sixteenが存在し、これを選択して保存することができます。（異常）

これを選択して、デバイスによるテーマ切替を有効にすると、このようにtheme does not existというエラーが出ます。（エラーが出ること自体は正常）

また、適当なテーマを新しくインストールしても、テーマ選択画面でインストールしたテーマが表示されません。（異常）

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現在さくらのVPS以外での使用予定がないので、他のクラウドでどうなっているかはわかりませんが、さくらの複数のVPSで同じバグが発生しています。

wp_sitemanager_device_groupテーブルを直接書き換えることで動作することは確認できました。